Održavanje čistoće terarijuma mora da bude temeljno, kako ne bi došlo do razvoja bakterija, ali u isto vreme i ne previše često, jer čišćenje terarijuma uznemirava reptila. Za većinu vrsta dovoljno je jednom sedmično prebrisati svu opremu i biljke u terarijumu ekološkim dezinfekcionim sredstvom. Učestalost čišćenja takođe zavisi od vrste reptila, pa je tako zmijama potrebno ređe čistiti kavez nego gušterima i kornjačama. Podloga za terarijum je najčešće pesak, a vlasnici reptila mogu birati između više vrsta prirodnog peska različitih boja, kako bi stvorili uslove koji najviše podsećaju na prirodni ambijent njihovog ljubimca.